Rekombinaza przecina teraz jedną z nici w pewnej odległości od końca, co powoduje powstanie jednoniciowego fragmentu DNA. Do takich miejsc mogą się też dołączać inne nukleotydy (patrz dalej: tworzenie rejonów N), co nie zostało ujęte na rysunku:
center
Następuje uzupełnienie nowego fragmentu o komplementarne zasady i ligacja DNA:
center
W ten sposób powstał rejon P. Jak widać, nowo powstałe fragmenty rzeczywiście mają postać palindromów. W powyższym przykładzie: nowo utworzony fragment genu DJ czytany z górnej nici od lewej do prawej ma skład ATGCAT, zaś odczytany wspak tworzy sekwencję czytaną od lewej w nici dolnej.
Tworzenie rejonów N Rejony N powstają poprzez dodawanie do złącza kodującego dodatkowych nukleotydów. Przypadkowe sekwencje powstają przez działanie transferazy deoksyrybonukleotydów terminalnych.