Problem ten jest omijany poprzez stworzenie jeszcze większej różnorodności, za pomocą mechanizmów zwanych ogólnie „zmiennością na złączach”.
Zmienność na złączach Zmienność na złączach jest procesem, w którym dochodzi do zmian sekwencji nukleotydów w obrębie złącza kodującego. Dwa mechanizmy odpowiadające za zmienność na złączach to tworzenie rejonów P oraz N. Do powstania zmienności na złączach dochodzi podczas łączenia się genów. Znaczenie tego rodzaju zmienności jest trudne do przecenienia, zwiększa ona bowiem liczbę wariantów około stukrotnie, czyli z wyjściowego 1 000 000 różnych genów, powstających na skutek zmienności kombinacyjnej, dochodzi do powstania 100 000 000 genów, co daje możliwość odpowiedzi na ogromną liczbę antygenów.
Tworzenie rejonów P Rejony P, czyli rejony palindromowe, powstają na skutek wykorzystania gotowych genów. Mechanizm jest w tym wypadku następujący:
Rekombinaza przecina DNA, przy czym wypętlony wcześniej fragment cząsteczki jest w tym momencie usuwamy. Wolne końce genów, będące końcami tępymi, zostają zmodyfikowane przez połączenie dwu przeciwbieżnych nici DNA:
center