Były jednak tak nieliczne, że nawet tam odprawiano msze greckie na przemian z łacińskimi.
Majątek AAŁ, przede wszystkim nieruchomości i cerkwie, został w dużej części zagrabiony przez władze państwowe, które – w drodze absurdalnej wykładni faktów – potraktowały go jako mienie pozostałe po osobach wysiedlonych do ZSRR. Cerkwie zagarnięte przez państwo w większości popadły w ruinę bądź zostały zniszczone. Sporo cerkwi przejął kościół rzymskokatolicki, przystosowując je do obrządku łacińskiego. Nieliczne zostały objęte przez cerkiew prawosławną.
Apostolska Administracja Łemkowszczyzny nie została odtworzona po odrodzeniu cerkwi greckokatolickiej w Polsce po 1989. Nie została również utworzona żadna jednostka jurysdykcyjna stanowiąca jej kontynuację. Tereny dawnej AAŁ należą obecnie do dekanatów sanockiego i krakowsko-krynickiego greckokatolickiej archieparchii przemysko-warszawskiej.
Apostolscy Administratorzy Obowiązki apostolskich administratorów Łemkowszczyzny pełnili kolejno: ks. Mykoła Nahorianśkyj – dotychczasowy kapelan greckokatolicki w Wojsku Polskim;