Dla AAŁ konsekwencją przesiedleń była przede wszystkim dezorganizacja sieci parafialnej – wiele parafii zostało wyludnionych całkowicie, w wielu innych pozostały szczątkowe liczby wiernych. Wraz z parafianami wyjeżdżali na Ukrainę ich proboszczowie. Łemkowie decydujący się pozostać najczęściej zmieniali obrządek na łaciński. W tym czasie ostatni administrator, ks. Malinowski, przez Czechosłowację uciekł do Bawarii, obawiając się aresztowania przez NKWD. Przestała działać również kuria. Pod koniec 1946 AAŁ w praktyce nie istniała.

Następnym zdarzeniem decydującym o losach AAŁ była akcja „Wisła” – wysiedlenie ludności ukraińskiej na zachód i północ Polski. Również tym razem Łemków potraktowano identycznie, jak Ukraińców. W przypadku Łemków odpowiedzialność zbiorowa została zastosowana o tyle bezzasadnie, że Łemkowie nie współdziałali z ukraińską partyzantką, lecz byli lojalni wobec władz polskich. Między 24 kwietnia a 31 lipca 1947 przesiedlono około 35 tys. Łemków. Akcja „Wisła” była definitywnym końcem AAŁ. Jednostka nie została formalnie zniesiona, lecz po prostu zabrakło wiernych. Grupy parafian – greckokatolickich Łemków – pozostały tylko w Olchowcu, Bodakach, Blechnarce, Wesołej, Komańczy, Turzańsku i Rzepedzi oraz w miejscowościach uzdrowiskowych.