Wojna Warunki działania AAŁ diametralnie zmieniły się po upadku Polski w 1939. Na ziemie Łemków napłynęło kilkadziesiąt tysięcy uchodźców z ziem okupowanych przez ZSRR – zdeklarowanych Ukraińców, którzy zdominowali życie społeczności wiernych. Metropolia lwowska została oddzielona od Łemkowszczyzny nową granicą niemiecko-sowiecką. Po niemieckiej stronie nowej granicy pozostała tylko AAŁ i wschodnia część eparchii przemyskiej, zarządzana z Jarosławia przez wikariusza generalnego bp. Grzegorza Łakotę. W tych warunkach wzrosło znaczenie AAŁ dla ukraińskiej cerkwi greckokatolickiej, a więc i dla ukraińskiego ruchu narodowego. Na przełomie 1939 i 1940 życie AAŁ zostało zdominowane przez orientację ukraińską. Pod naciskiem Ukraińskiego Komitetu Centralnego (UCK) w Krakowie 10 czerwca 1940 na wikariusza generalnego AAŁ powołano zdeklarowanego ukrainofila ks. Aleksandra Malinowskiego, który wkrótce przejął większość obowiązków ciężko chorego administratora ks. Jakiwa Medweckiego, a po jego rychłej śmierci – niemal natychmiast go zastąpił. Pod rządem ks. Malinowskiego AAŁ została całkowicie zukrainizowana – zaczęto się posługiwać językiem ukraińskim, odnowiono kontakty z pozostałymi jednostkami cerkwi ukraińskiej, co przybrało na sile po zajęciu przez III Rzeszę całego terenu metropolii lwowskiej.