Politycznie nowy administrator AAŁ opowiedział się bez zastrzeżeń po stronie ukraińskich nacjonalistów.

W miarę zbliżania się frontu wschodniego na teren AAŁ zaczęli napływać świeccy i duchowni uciekinierzy. Przewidując trudności w zarządzaniu administrator 24 sierpnia 1944 powołał trzech wikariuszy generalnych, po czym tymczasowo przeniósł swą siedzibę do Krynicy. Gdy jesienią i zimą 1944 Łemkowszczyzna została przedzielona linią frontu, jeden z nich – ks. Stefan Jodłowski – przejął zarządzanie częścią Administracji po wschodniej stronie frontu.

Rozpad Upadek AAŁ przebiegał paralelnie do losów ludności łemkowskiej w Polsce. Zadecydowały o nim czynniki zewnętrzne – II wojna światowa, a następnie walki z UPA.

Proces, który miał doprowadzić do zaniku AAŁ, zaczął się już jesienią 1939. Porozumienie między ZSRR a III Rzeszą przewidywało między innymi wymianę ludności. Już wtedy na sowiecką Ukrainę wyjechało około 5 tys. Łemków. Następną falę emigracji stanowiło uchodźstwo przed zbliżającym się frontem wschodnim w 1943 i w 1944. Wielu duchownych AAŁ, przede wszystkim związanych z ukraińskim ruchem narodowym, wyjechało wówczas na zachód Europy.