Jedną z pierwszych decyzji Dudajewa było danie obywatelom prawa do noszenia broni i zwolnienie z więzień wszystkich więźniów. Doprowadził do uchwalenia przez czeczeński parlament 12 marca 1992 konstytucji niepodległej Czeczenii. Rządził twardą ręką, walcząc z opozycją parlamentarną (17 kwietnia 1993 rozwiązał parlament) i nie podporządkowującymi się mu lokalnymi przywódcami. Nie był jednak w stanie opanować ogarniającego Czeczenię chaosu i ustanowić efektywnej kontroli nad krajem.
Prowadząc konsekwentnie politykę niepodległościową odmówił podpisania 31 marca 1992 umowy o powołaniu Federacji Rosyjskiej. W czasie swoich rządów bezskutecznie zabiegał o międzynarodowe uznanie niepodległości republiki. Oficjalne uznanie uzyskał tylko od Gruzji (13 marca 1992).
Rosja kilkakrotnie organizowała bezskuteczne działania militarne przeciwko Dudajewowi oraz nieudane zamachy na jego życie, m.in.: listopad 1991 – interwencja rosyjskich komandosów, marzec 1992 – czeczeńskie radio i telewizja na krótko opanowane przez siły prorosyjskie, maj 1993 – pierwszy zamach, maj 1994 – drugi zamach, wrzesień 1994 – atak wojsk rosyjskich na główne czeczeńskie lotnisko, październik 1994 – szturm prorosyjskiej grupy czeczeńskich opozycjonistów, listopad 1994 – atak grupy rosyjskich najemników i czeczeńskich opozycjonistów.