Po latach Daniel Van Buyten określił wypożyczenie do Manchesteru City za „najgorszą w swojej karierze”.
Wrócił do Marsylii pod koniec sezonu. Postanowił nie zostawać we Francji i w czerwcu 2004 roku przeniósł się do Niemiec, Hamburger SV, aby zastąpić odchodzącego kapitana Nico-Jana Hoogmę, zgadzając się na czteroletnią umowę. W Hamburgu zaliczył 61 występów w najwyższej klasie rozgrywkowej.
W czerwcu 2006 Bayern Monachium ogłosił, że do klubu przejdzie Daniel Van Buyten z Hamburga i podpisał z nim kontrakt na sezon 2009–10. Van Buyten miał bardzo udany pierwszy sezon w bawarskim klubie, tworząc efektywne partnerstwo z innym środkowym obrońcą, z Lúcio. Van Buyten strzelił swojego pierwszego gola dla Bayernu przeciwko Energie Cottbus, 9 grudnia 2006, zdobywając zwycięską bramkę w wygranym meczu 2:1 dla Die Roten. Van Buyten strzelił następnie drugiego gola dla klubu 26 stycznia 2007 r., wyrównując na 1:1, jednak Bayern przegrał z Borussią Dortmund wynikiem 3:2.
3 kwietnia 2007 przeciwko A.C. Milan w pierwszym meczu ćwierćfinału Ligi Mistrzów UEFA, Van Buyten strzelił dwie bramki na wyjeździe, aby wyrównać mecz i dać Bayernowi Monachium przewagę na wyjeździe remisem. W tym spotkaniu strzelił dwa gole lewą nogą, raz w 78.