thumb|Wypalony gmach Koszar Wołyńskich przy ul. Zamenhofa. Zdjęcie wykonane w czasie powstania w getcie warszawskim Podczas oblężenia Warszawy we wrześniu 1939 zabudowania koszar mocno ucierpiały na skutek niemieckich bombardowań. W październiku 1940 kompleks więzienny znalazł się w granicach getta warszawskiego. W stosunkowo najlepszym stanie przetrwał oblężenie frontowy gmach przylegający do ul. Zamenhofa. Urządzono tam Biuro Przyjmowania Przesyłek Pocztowych, siedzibę V rejonu Żydowskiej Służby Porządkowej, a także mieszkania prywatne.
W czerwcu 1941 roku na terenie koszar zorganizowano tzw. Areszt Centralny dla Dzielnicy Żydowskiej (niem. Zentralarrest für den jüdischen Wohnbezirk). Podlegał on pod względem formalnym i faktycznym Policji Polskiej Generalnego Gubernatorstwa („policji granatowej”). Strażnikami byli natomiast funkcjonariusze Żydowskiej Służby Porządkowej. Do Aresztu Centralnego trafiały przede wszystkim osoby oskarżone o szmugiel lub nielegalne przebywanie po „aryjskiej stronie”. Osadzenie w areszcie groziło także za inne przewinienia, na przykład jazdę tramwajem bez biletu lub nieprzestrzeganie zarządzeń obrony przeciwlotniczej. Pod koniec maja 1942 roku blisko 1/3 osadzonych stanowili nieletni poniżej 15. roku życia.