Areszt Centralny mieścił się początkowo w niewielkim budynku przy ul. Gęsiej 22. Później, w związku ze znacznym wzrostem liczby więźniów, na jego potrzeby przeznaczono także dziesięć dużych cel w więziennym gmachu przy ul. Gęsiej 24. W areszcie panowały bardzo trudne warunki bytowe i sanitarne, według Jana Grabowskiego gorsze nawet niż w więzieniach po „aryjskiej stronie”. Oba więzienne budynki były w stanie pomieścić około 350 osób, jednakże 10 marca 1942 roku liczba więźniów sięgnęła 1283, a w lipcu tegoż roku – około 1800. Śmiertelność była bardzo wysoka. Obfite żniwo zbierały zwłaszcza gruźlica i tyfus.
Na terenie „Gęsiówki” przeprowadzono pierwsze masowe egzekucje w getcie warszawskim. 17 listopada i 15 grudnia 1941 roku rozstrzelano tam odpowiednio osiem i piętnaście osób, wśród nich kobiety, które aresztowano za nielegalne przebywanie „po aryjskiej stronie”. W skład plutonu egzekucyjnego weszli funkcjonariusze „granatowej policji”. Podobne egzekucje powtarzały się w pierwszych miesiącach 1942 roku. Liczba Żydów skazanych na śmierć przez Sondergericht wkrótce stała się jednak tak duża, że w maju tegoż roku Niemcy podjęli decyzję o wykonywaniu wyroków na terenie karnego obozu pracy w Treblince.