22 lipca 1942 roku w warszawskim getcie rozpoczęła się wielka akcja deportacyjna. Więźniowie Aresztu Centralnego zostali jako jedni z pierwszych przeznaczeni do wywózki do obozu zagłady w Treblince. Kilkuset deportowano już w pierwszym transporcie, który odszedł z Umschlagplatzu 23 lipca 1942 roku. W późniejszym okresie więzienie pełniło funkcję jednego z punktów zbiorczych dla transportów do Treblinki.
Władysław Bartoszewski podaje, że żydowskich więźniów przetrzymywano w „Gęsiówce” do lata 1942 roku. Wzmianka o likwidacji Aresztu Centralnego znajduje się w sprawozdaniu przewodniczącego warszawskiego Judenratu za styczeń 1943 roku. Z kolei portal Wirtualny Sztetl podaje, że oficjalna likwidacja Aresztu Centralnego nastąpiła 19 kwietnia 1943 roku, tj. w momencie wybuchu powstania w getcie warszawskim.
Wychowawczy obóz pracy thumb|Budynek przy ul. Litewskiej 14, do którego jesienią 1943 przeniesiono wychowawczy obóz pracy
Jesienią 1942 roku Niemcy zorganizowali przy ul. Gęsiej tzw. wychowawczy obóz pracy policji bezpieczeństwa (niem. Arbeitserziehungslager der Sicherheitspolizei Warschau, AEL). Obóz ten również nazywany był „Gęsiówką”. Ulokowany został w części zabudowań dawnego więzienia wojskowego oraz w barakach wybudowanych na jego podwórzach.