Ten pierwszy jest jednym z najistotniejszych korelatów z omawianym schorzeniem - wzrost ryzyka rozwoju choroby Leśniowskiego-Crohn'a dla homozygot niosących zmutowane warianty genu NOD2 może być nawet czterdziestokrotny. Pomimo tego, należy zaznaczyć, że penetracja genu NOD2, czyli częstość pojawiania się u osób niosących ten gen fenotypu z nim związanego, nawet u osób posiadających dwa zmutowane warianty NOD2, jest względnie niewielka. Białko NOD2 uczestniczy w rozpoznawaniu ligandów bakteryjnych za pośrednictwem domeny LRR, w obrębie której pojawiają się wspomniane mutacje. Z występowaniem choroby korelują dodatkowo markery immunologiczne: anty-I2 oraz ASCA.
Charakterystyczne dla przebiegu choroby jest zajęcie całej grubości ściany narządu oraz możliwość występowania w całym przewodzie pokarmowym, podczas gdy we wrzodziejącym zapaleniu jelita grubego zajęte są tylko błona śluzowa i podśluzowa jelita grubego). Zmiany mają charakter ogniskowy (ang.