skip lesions), w przeciwieństwie do wrzodziejącego zapalenia jelita grubego, w którym występują zmiany ciągłe.
Obraz histopatologiczny wykazuje występowanie ziarniniaków nabłonkowatokomórkowych bez cech serowacenia.
Mimo powszechnej obecnie opinii, że choroba Crohna ma podłoże autoimmunologiczne, pojawia się coraz więcej dowodów potwierdzających teorię, że jej przyczyną jest upośledzenie mechanizmów odporności nieswoistej, związane z niewłaściwym (ograniczonym) wydzielaniem cytokin przez makrofagi.
Drobnoustroje Początkowo jako czynniki sprawcze choroby Leśniowskiego-Crohna podejrzewano różne bakterie chorobotwórcze. Jednak według najpowszechniejszej obecnie opinii różne mikroorganizmy jedynie wykorzystują osłabienie warstwy błony śluzowej gospodarza i niezdolność do oczyszczania ścian jelita z bakterii – oba będące objawami choroby. Niektóre badania sugerowały, że Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis ma po części udział w chorobie Leśniowskiego-Crohna, ponieważ powoduje bardzo podobną chorobę u bydła, chorobę Johnego. Antygeny z resztami mannozy (mannany) pochodzące z drożdży mogą również wywołać odpowiedź w postaci produkcji przeciwciał. Inne badania wykazują związek specyficznych szczepów enteroadhezyjnych E. coli z chorobą.