Mimo to związek między poszczególnymi rodzajami bakterii i chorobą Leśniowskiego-Crohna pozostaje niejasny.
Niektóre badania sugerują, że choroba Leśniowskiego-Crohna, wrzodziejące zapalenie jelita grubego i zespół jelita drażliwego mają tę samą podstawową przyczynę. W bioptatach jelita grubego od wszystkich trzech grup pacjentów wykazano podwyższony poziom proteaz serynowych. Po eksperymentalnym wprowadzeniu proteaz serynowych do organizmu myszy stwierdzono rozlany ból związany z zespołem jelita drażliwego i zapalenie jelita grubego, występujące we wszystkich trzech chorobach. Autorzy tego badania nie byli w stanie zidentyfikować źródła proteaz, ale odrębny przegląd zwrócił uwagę, że miejscowe i czasowe różnice w tych chorobach mogą mieć związek z zakażeniem słabo poznanym pierwotniakiem, Blastocystis.
W badaniu z 2003 wysunięto hipotezę „zimnego łańcucha”, mówiącą, że psychrofilne (zimnolubne) bakterie, jak Yersinia spp i Listeria spp, przyczyniają się do rozwoju choroby. Znaleziono statystyczną korelację pomiędzy nadejściem szerokiego zastosowania urządzeń chłodniczych w Stanach Zjednoczonych i w różnych częściach Europy a wzrostem zachorowań.