W związku z kryzysem gospodarczym na świecie po roku 1929 Naujocks nie mógł znaleźć pracy i przyjął się do pracy u swojego ojca. Ten nie mógł pozwolić sobie na wypłacanie stałej pensji.

1 sierpnia 1931 podczas zebrania partii NSDAP niespełna 20-letni wówczas Alfred zachwycił się ideą NSDAP i jeszcze tego samego dnia stał się członkiem NSDAP i SS (nr legitymacji 26240). W grudniu tego samego roku do partii przystąpił jego ojciec i jedna z sióstr. Na początku lipca 1931 roku w Kilonii doszło do zamieszek spowodowanych przez narodowych socjalistów, a sam Naujocks miał związek ze strzelaniną z 29 lipca 1931 w Gaarden. Wówczas to trzej członkowie NSDAP, wśród których był Naujocks ostrzelali członków Komunistycznej Partii Niemiec (KPD). W późniejszych latach (1931-33) Naujocks zasłynął jako osoba skłonna do awantur. Wziął udział w wielu potyczkach ulicznych, a jedna z miejscowych gazet określiła go mianem "twardego zawodnika". W roku 1932 został skazany na karę grzywny za szamotaninę z urzędnikiem sądowym. Stało się to po tym, gdy wachmistrz w sądzie zwrócił uwagę, że w budynku sądu obowiązuje zakaz palenia. Naujocks zachowywał się arogancko i gdy urzędnik chciał spisać dane osobowe doszło do bijatyki. 15 lutego 1933 roku został skazany na grzywnę w wysokości 30 marek.