Krótko po przejęciu władzy przez nazistów w 1933 roku Naujocks poczuł się wobec sądu osobą nietykalną. Przez kilka lat wzbraniał się przed zapłaceniem grzywny, aż w końcu 12 kwietnia 1939 roku został aresztowany. Jeszcze tego samego dnia zapłacił grzywnę i został z aresztu wypuszczony.
Jesienią 1932 roku Naujocks odbył szkolenie militarne i polityczne w SS. Wkrótce został wyznaczony przezeń do wykonywania różnych zadań, jak ochrona uroczystości oraz przemarszów NSDAP. Do jego obowiązków należało też przyklejanie plakatów i agitacja wyborcza.
W grudniu 1932 roku Naujocks poślubił 12 lat starszą od siebie byłą żonę bogatego jubilera. W późniejszym czasie sprzedawał tytoń w sklepie należącym do jej rodziny. Interesujące jest, że po jego ślubie ojciec zabronił reszcie rodziny kontaktować się z nim. Para rozwiodła się już w roku 1934, a Naujocks wprowadził się ponownie do swoich rodziców. Podczas przesłuchań w roku 1949 Naujocks twierdził, że od początku wiedział, że wszystko to było błędem, "a za dzieckiem nie tęsknił". Do rozwodu Naujocks pracował w kilońskich stoczniach. Wiosną 1934 roku, wraz z przyjacielem Wernerem Göttschem (alias ), również kilończykiem, przeprowadził się do Berlina, gdzie mając 23 lata, rozpoczął służbę w Sicherheitsdienst (SD), w stopniu Scharführera, gdzie otrzymał posadę kierowcy.