Delos została zdobyta i zrównana z ziemią przez Menofanesa, wodza króla Pontu Mitrydatesa, a mieszkańców wycięto w pień lub (w bardzo małej liczbie) uprowadzono w niewolę. Następny cios zadali wyspie piraci, którzy złupili ją w roku 69 p.n.e. Od tego czasu, pomimo wysiłków Rzymian, Delos nigdy więcej nie wróciła do swego dawnego znaczenia. W roku 42 p.n.e. Ateny odzyskały kontrolę nad wyspą, ale podupadła ona już zupełnie i nic nie mogło wskrzesić jej dawnej świetności. Pauzaniasz pisał, że gdyby nie nadzorcy i strażnicy, można by wyspę uznać za całkiem bezludną.
Nowożytność Od roku 1873 archeolodzy francuscy rozpoczęli prace wykopaliskowe. W ich wyniku udało się odsłonić ogromny kompleks świątynny, a także zawierający budowle świeckie. W jego centrum znajdował się hieron Apollina połączony ze świętym portem drogą procesyjną. Święty okrąg (180x150 m) był otoczony murami i portykami (Antigonosa). Zawierał trzy świątynie Apollina (m.in. Porinos Naos) z VI w. p.n.e. i skarbce różnych ludów Grecji. Artemida miała na Delos dwie świątynie (Artemizjon). Wykopaliska w Delos należą do najważniejszych w Grecji, gdyż poza świątyniami został odkopany także port ze wszystkimi urządzeniami, miasto handlowe i liczne domy prywatne dające jasne pojęcie o życiu Greków w I w.