Jeśli system selekcji danego czasopisma jest wadliwy, odbija się to natychmiast w spadku jego IF. Dla autorów jest to z jednej strony istotny czynnik przy decydowaniu, do jakiego czasopisma wysyłać swoją publikację, a z drugiej strony liczba przyjętych do druku publikacji w czasopismach o wysokim IF jest miarą jakości badań naukowych opisywanych przez danego autora. Dla instytucji naukowych miarą wartości prowadzonych w nich badań jest liczba publikacji przyjętych do druku w czasopismach o wysokim IF, które zostały napisane przez pracowników tych instytucji.
W wielu krajach istnieją całe systemy oceny instytucji naukowych i zatrudnionych w nich pracowników opierające się na liczbie publikacji z uwzględnieniem IF czasopism, w których te publikacje się ukazały. W Polsce instytuty naukowe i wydziały uczelni wyższych oceniane są przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego między innymi właśnie na podstawie kryterium IF. Co prawda szczegółowe zasady oceny jednostek naukowych ulegają częstym modyfikacjom, jednak wykształcił się już pewien stały, ogólny schemat tej oceny. Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego publikuje wykaz czasopism naukowych wraz z przypisaną im punktacją.