316., wybrany jego marszałkiem, przeprowadził zawiązanie Sejmu w konfederację i został marszałkiem konfederacji koronnej. Należąc do Stronnictwa Patriotycznego był wraz z Ignacym Potockim i Hugonem Kołłątajem jednym z głównych twórców Konstytucji 3 maja. Mieszkał w należącym do jego żony Pałacu Czapskich (na Krakowskim Przedmieściu, dziś Akademia Sztuk Pięknych), gdzie na tajnych zebraniach redagowano tekst tej ustawy. Małachowski też przeprowadził jej uchwalenie na sesji sejmowej 3 maja 1791 i był jednym z sygnatariuszy Konstytucji 3 majaVolumina Legum, t. IX, Kraków 1889, s. 225..
Małachowski popierał dążenia miast do rozszerzenia ich praw politycznych i był zwolennikiem współpracy szlachty z mieszczaństwem. Jako jeden z pierwszych ze swego stanu wpisał się do księgi miejskiej jako obywatel miasta Warszawy (29 kwietnia 1791). W swych dobrach ostrogskich na Podolu oczynszował chłopów (1791), spisał powinności, zwolnił ich od niektórych ciężarów, zaczął organizować opiekę lekarską dla włościan. W czasie wojny polsko-rosyjskiej, na zebraniu 23 lipca 1792 był przeciwny decyzji króla Stanisława Augusta Poniatowskiego o jego przystąpieniu do konfederacji targowickiej i sprzeciwił się jakimkolwiek układom z targowiczanami.