Po przystąpieniu króla do Targowicy 25 lipca 1792 wystąpił z manifestem potępiającym akt konfederacji i stwierdzającym iż „sejm nadal trwa, a będzie zwołany, jak tylko okoliczności na to pozwolą”, po czym udał się do Wiednia, a potem Włoch. Odmówił udziału w insurekcji kościuszkowskiej, obawiając się jej radykalizmu. W 1796 powrócił do swych dóbr na Kielecczyźnie, które znalazły się w wyniku III rozbioru w Galicji. W 1798 został aresztowany przez władze austriackie w związku z projektowanym na emigracji (1797) reaktywowaniem Sejmu Czteroletniego, więziony przez 8 miesięcy w Krakowie.
W grudniu 1806 został wezwany przez Napoleona do Warszawy, gdzie 14 stycznia 1807 został prezesem Komisji Rządzącej. W październiku 1807 król Fryderyk August I mianował go prezesem Rady Ministrów Księstwa Warszawskiego. Był to wybór nieodpowiedni [...] Małachowski był człowiekiem poprzedniej generacji, [...] nie miał zrozumienia dla potrzeb scentralizowanego i biurokratycznego państwa napoleońskiego (Andrzej Zahorski).
Jako prezes Rady, Małachowski był zwolennikiem reaktywowania w Księstwie Konstytucji 3 maja i przeciwnikiem wprowadzenia Kodeksu Napoleona oraz innych projektów ministra sprawiedliwości Feliksa Łubieńskiego.