Ostatnim numerem „Top Secretu” pod redakcją Marcina Borkowskiego był wydany z opóźnieniem numer 54. (wrzesień–październik 1996). Główną przyczyną jego upadku było bankructwo Agrobanku w 1995 roku, w którym znajdowały się oszczędności Spółdzielni Wydawniczej „Bajtek”. Doprowadziło ono do utraty ok. 100 tysięcy złotych (1 miliarda starych złotych) i zaburzenia płynności finansowej wydawnictwa. Spółdzielnia zastawiła swoje tytuły: „Bajtek” i „Top Secret” u właściciela drukarni, Prószyński i Spółka, która jeszcze przez kilka miesięcy drukowała czasopisma, jednak nie otrzymywała za to zapłaty. Ostatecznie jesienią 1996 roku druk został wstrzymany, co oznaczało koniec istnienia pierwszej edycji „Top Secretu”. W tym czasie likwidacji uległ także „Bajtek” i samo wydawnictwo.
Kontakt z czytelnikami Autorzy „Top Secretu” pod redakcją Marcina Borkowskiego, czyli tzw. Zepsół, byli nie tylko twórcami artykułów, ale także sami nierzadko stanowili ich temat. W teksty o tematyce komputerowej wplatane były luźne dygresje na temat życia redakcji i jej poszczególnych pracowników, wtrącane też liczne, specyficzne żarty. Na łamach czasopisma można było zobaczyć zdjęcia i komiksy przedstawiające redaktorów i wnętrza redakcji w różnych sytuacjach.