Po upadku ZSRR W przeciwieństwie do służb cywilnych, wywiad wojskowy uniknął przeformowań związanych z upadkiem ZSRR. W miejsce rozwiązanego cywilnego KGB SSSR powstały FSB RF i SWZ RF oraz FSO RF, a wywiad wojskowy pod prawie niezmienioną nazwą funkcjonuje do dzisiaj (Główny Zarząd Sztabu Generalnego Sił Zbrojnych Federacji Rosyjskiej). Jedyną większą nowością była zmiana siedziby, znanej jako Akwarium. W 2006 GRU przeniósł się do nowoczesnego i ogromnego kompleksu o powierzchni ponad 70 tys. m kw., niedaleko od poprzedniej lokalizacji.
XXI wiek GRU stoi za szeregiem zabójstw i operacji dywersyjnych za granicą, przypisywanych zwłaszcza wyspecjalizowanej . W 2004 roku w Dosze jej agenci zabili w zamachu bombowym byłego prezydenta Czeczenii Zelimchana Jandarbijewa. Tej samej jednostce przypisuje się wybuchy w czeskim składzie amunicji w Vrběticach (2014), próbę otrucia bułgarskiego handlarza bronią Emiliana Gebrewa (2015) oraz użycie bojowego środka trującego nowiczok przeciwko zbiegłemu oficerowi GRU Siergiejowi Skripalowi w brytyjskim Salisbury (2018).