Kościół został odrestaurowany w 1853; wtedy też dobudowano kaplicę i zegar na wieży. Koszt odnowy wyniósł przeszło 22 000 złp. (rubli srebrnych 3 315 kop. 20), z czego rząd przeznaczył na ten cel 500 rubli srebrnychJulian Bartoszewicz: Kościoły Warszawskie rzymsko-katolickie opisane pod względem historycznym, Warszawa 1855, s. 112–126..
W latach 1940−1942 był jednym z dwóch czynnych kościołów w granicach getta (drugim był kościół Wszystkich Świętych). Po wojnie kościół i budynki dawnego klasztoru były zniszczone w ok. 45%. Świątynia została odbudowana w latach 1951–1956. Zabudowania klasztorne nie zostały odbudowane, pozostał tylko piętrowy aneks.
W kościele wisi kopia obrazu Matki Boskiej Białynickiej z Białynicz, której oryginał znajdował się na zamku w Lachowiczach podczas trzymiesięcznej obrony przed wojskami moskiewskimi w 1660, porównywanej do obrony Jasnej Góry w 1655K. Przygoda, Madonny Kresowe w świątyniach Warszawy, s. 19.. Warszawski obraz znany od 1641 roku, zaginął w powstaniu warszawskim, obecny wizerunek jest jego kopią.
W 1968 zbudowano 25-głosowe organy. W latach 1984–1985 przy kościele wzniesiono plebanię. W 2009 przeszedł częściowy remont elewacji.