Przy okazji remontu odtworzono barokową kolorystykę frontu kościoła, który stał się purpurowy.
Przesunięcie budynku w 1962 roku Po wybudowaniu trasy W-Z poszerzano później biegnącą tu dawną ulicę Leszno, stanowiącą część nowej alei gen. K. Świerczewskiego (od 1991 aleja „Solidarności”). Rozważano pozostawienie kościoła w dotychczasowym miejscu, ze zwężeniem jezdni i zamurowaniem wejścia frontowego, ale bez chodnika po tej stronie (piesi mieli przechodzić pod budynkiem kościoła albo okrążać go od północnej strony), lub przesunięcie świątyni. Koncepcję projektu przesunięcia opracowano w 1960. Rozebrano sąsiadujące z kościołem mniej wartościowe zabudowania poklasztorne. Po wielu przygotowaniach, nocą z 30 listopada na 1 grudnia 1962, kościół został przesunięty o 21 metrów na północ (fasada frontowa stanęła w linii dawnego łuku tęczowego) bez konieczności przeprowadzenia rozbiórki i prac rekonstrukcyjnych. Było to pierwsze w Europie i trzecie na świecie przesunięcie obiektu sakralnego. Miejsce dawnej lokalizacji kościoła jest zaznaczone na chodniku i jezdni alei „Solidarności” granitową kostką.
Przesunięcie kościoła, przygotowania do niego, zabezpieczenia i kwestie techniczne zostały szczegółowo opisane w publikacji „Przesunięcie kościoła przy poszerzaniu Trasy W-Z w Warszawie”.