W okresie berlińskim (1900-1908) skrystalizowała się jednak polska świadomość narodowa Nowowiejskiego. Za sprawą bliskich kontaktów z Polakami na uniwersytecie (Ludomir Różycki, Mieczysław Karłowicz) dogłębnie zapoznał się z historią Polski i z metodami germanizacji w zaborze pruskim. Pod wpływem Czesława Meissnera, działacza Towarzystwa Czytelni Ludowych, na nowo nauczył się języka polskiego i opanował jego formę literacką. Wpływ na polską tożsamość kompozytora miał też wyznawany katolicyzm, który odróżniał Warmiaków od reszty mieszkańców Prus.
Inspiracji do swojej twórczości szukał wówczas w licznych podróżach, a także w kulturze klasycznej, między innymi w tekstach biblijnych i religijnych, w poezjach Safony czy strofach Simonidesa z Keos. W 1906 skomponował operę Busola (inny tytuł Castelletto) na motywach włoskich legend adriatyckich, a w 1907 napisał oratorium Quo vadis na podstawie powieści Henryka Sienkiewicza, które do 1939 roku zostało ponad 200 raz wykonane.