Okres krakowski Od 1909 do 1914 r. był dyrektorem artystycznym krakowskiego Towarzystwa Muzycznego, gdzie pracował jako dyrygent orkiestry symfonicznej i organistaJan Boehm, Feliks Nowowiejski w Krakowie (1909-1914), Komunikaty Warmińsko-Mazurskie, 1965, nr 1, 31-45.. Mieszkał wtedy przy ul. Floriańskiej 20 w Krakowie, wówczas w zaborze austriackimFakt ten uczczono umieszczając w 2010 r. przy wejściu do kamienicy, pamiątkową tablicę w stulecie skomponowania melodii Roty.. W dniach od 10 kwietnia do 31 sierpnia 1909 Nowowiejski odbył pielgrzymkę do Ziemi Świętej z grupą 448 pątników z Małopolski i Górnego Śląska zorganizowaną przez Komisariat ZŚ. W Jerozolimie, jak wszyscy znaczący pątnicy, odznaczony został Krzyżem Pielgrzyma.
Mimo krytyki części krakowskiej prasy, która zarzucała mu zbytnią niemieckość i akademickość, nadal komponował utwory w polskim duchu narodowym. Powstały wtedy Skargi Jeremiasza do słów Kornela Ujejskiego, Racławice do wiersza Jerzego Żuławskiego, Madrygał do słów Lucjana Rydla oraz Tren IV do tekstu Jana Kochanowskiego.