Pozycje na północy zajęła Arabska Armia Wyzwoleńcza, po stronie południowej rozlokowały się oddziały irackie, a od wschodu usiłowały nacierać wojska syryjskie. Z tego powodu, od pierwszych dni wojny mieszkańcy budowali fortyfikacje obronne, a w miejscowości można było odczuć stan oblężenia. Aby zabezpieczyć linie komunikacyjne w Dolinie Jezreel, wojska izraelskie przeprowadziły pod koniec maja 1948 roku operację „Erez”, a w pierwszych dniach czerwca operację „Icchak”. W dniu 4 czerwca 1948 roku irackie samoloty zbombardowały Afulę. Jedna z bomb trafiła w dom mieszkalny, zabijając pięć osób. Kolejne naloty – tym razem już bez większych strat materialnych – miały miejsce 5 czerwca, 12 lipca i 18 lipca. Po wojnie do Afuli przyjechało kilka tysięcy żydowskich imigrantów z Iraku, Jemenu i Rumunii. W ten sposób bardzo szybko zapełniły się trzy miejskie obszary mieszkalne i musiano przygotować kolejny obszar, w którym utworzono gospodarstwa rolnicze (obecnie jest to osiedle Geulim, uznawane za najbardziej luksusowe w mieście). Ciągle rosnąca liczba nowych mieszkańców doprowadziła do założenia w 1951 roku nowej dzielnicy Afula Illit, położonej w odległości 5 km na północny wschód od miejscowości. W 1953 roku utworzono kolejną dzielnicę mieszkaniową Giwat ha-More, położoną na stokach góry o tej samej nazwie.