W czasie procesu został mu przedstawiony zarzut zdrady stanu. Ostatecznie od tego zarzutu został uniewinniony, ale 23 grudnia 1864 został skazany na rok więzienia w twierdzy kłodzkiej. mały|180px|Grób na cmentarzu Łyczakowskim we Lwowie W więzieniu przetłumaczył na łacinę swoją dysertację doktorską i poemat Wincentego Pola na niemiecki. Po wyjściu z więzienia w dniu 22 kwietnia 1866 udał się do Królewca na uniwersytet. Tam obronił 12 grudnia 1866 swoją rozprawę doktorską De bello a Boleslao Magno cum Henrico rege Germaniae gesto a 1002–1005. Potem w różnych miejscach szukał pracy, ponieważ władze pruskie odmawiały mu zatrudnienia na terenach, gdzie mieszkali Polacy. W 1868 roku opublikował w „Gazecie Poznańskiej” pracę O Mazurach. Materiały etnograficzne o życiu codziennym i kulturze Mazurów zbierał między innymi w Sztynorcie i jego okolicach. W latach 1868–1870 znalazł zatrudnienie jako bibliotekarz u J.K. Działyńskiego w Kórniku pod Poznaniem. Od 1869 roku był członkiem honorowym Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół NaukBolesław Erzepki, Spis członków Towarzystwa Przyjaciół Nauk w Poznaniu, Poznań 1896, s. 2..