Ostatecznie od 1873 zaczął pracować w Zakładzie im. Ossolińskich we Lwowie. Pracę tam podjął 1 czerwca 1870 jako sekretarz naukowy; w 1874 został kustoszem i 1 listopada 1876 dyrektorem. W 1882 roku opublikował dzieło O ludności polskiej w Prusiech niegdyś krzyżackich.
W 1894 roku został członkiem Moskiewskiego Towarzystwa ArcheologicznegoMaria Blombergowa, Polscy członkowie Cesarskiego Moskiewskiego Towarzystwa Archeologicznego (1864–1914), w: Kwartalnik Historii Nauki i Techniki 25/3 (1980) s. 555..
W 1906 otrzymał drugą nagrodę Fundacji Franciszka Kochmana ze Lwowa.
Zmarł 15 stycznia 1918 r. i został pochowany na cmentarzu Łyczakowskim we Lwowie. Część rodziny Wojciecha Kętrzyńskiego osiedliła się w Warszawie, a niektórzy z niej wyemigrowali do Kanady.
Upamiętnienie Pamięć Wojciecha Kętrzyńskiego uczczono, nadając w 1946 mazurskiemu miastu Rastembork nazwę Kętrzyn, gdyż Kętrzyński urodził się w Giżycku – w wyniku urzędniczej pomyłki Kętrzyn otrzymał nazwę od nazwiska Kętrzyński, natomiast Giżycko od Gizewiusza.. Nazwiskiem jego nazwano wiele ulic (w Gdańsku, Olsztynie, Ostródzie, Giżycku, Szczytnie, Braniewie, Nidzicy i Pasymiu), osiedle w Olsztynie, a także jego imię i nazwisko występuje w nazwach szkół oraz innych instytucji. Do najważniejszych z nich należy Ośrodek Badań Naukowych im.