Rozważał zyski, jakie można by osiągnąć wprowadzając na masową skalę uprawę ziemniaka oraz opłacalność przerobu węgla kamiennego na koks i smołę. Z tych względów Bechera można uznać za prekursora chemii przemysłowej. Już w swoich wczesnych utworach Becher okazał się zwolennikiem alchemicznej nauki o potrójnej naturze materii (trismegistos = po trzykroć wielki, to przydomek Hermesa, patrona alchemików wywodzonego od egipskiego Thota). Temat rozwinął w wydanej w Monachium w 1669 r. w Pchysicae Subterraneae (Fizyce podziemnej), napisał, że wszystkie ciała (w szczególności metale) składają się z trzech składowych substancji, „ziemi”: stałej (terra lapidea); palnej czyli tłustej (terra pinguis) oraz lotnej czyli rtęciowej (terra fluida czyli mercurialis). Koncepcją tą niewiele odbiegł od twierdzeń Paracelsusa, który jako składowe materii widział rtęć (element lotny), siarkę (element palny) oraz zasadę jako element stały (to co zostawało po spaleniu). Największą uwagę czytelników przyciągnęła terra pinguis. Ciała takie jak drewno, łatwopalne, miały jej dużo, dlatego miały palić się łatwo i płomieniem. Metale jako zawierające mniej terra pinguis paliły się niezauważalnie. Zgodnie z tą koncepcją spalanie nie było reakcją syntezy, lecz analizy.