Zmarła bezpotomnie. Mieszkanie na Żoliborzu i prawa autorskie do swoich utworów zapisała Warszawskiej Spółdzielni Mieszkaniowej.
Została pochowana na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 6, rząd 1, grób 22). Upamiętnienie Imię pisarki nosi ulica w krakowskiej Nowej Hucie Ulica Marii Kownackiej w Krakowie w Targeo oraz szkoły podstawowe w Trębkach, Krzywdzie (tu jest także rondo jej imienia), Warszawie (Szkoła Podstawowa nr 80 na Bielanach), Częstochowie w Dzielnicy Trzech Wieszczy, Wiskitkach, bełchatowskich Domiechowicach, łódzka Szkoła Podstawowa nr 11 przy ul. Hufcowej 20A, Szkoła Podstawowa Integracyjna nr 135 przy ulicy Grzegorza Przemyka 5 w Warszawie, Szkoła Podstawowa z Oddziałami Integracyjnymi nr 112 przy ulicy Zaułek 34 w Warszawie, czy Szkoła Podstawowa nr 1 w Łomiankach.
W jej dawnym mieszkaniu na Żoliborzu mieści się Izba Pamięci Marii Kownackiej (oddział Muzeum Książki Dziecięcej).