Kariera trenerska Jeszcze będąc piłkarzem w latach 60. rozpoczął pracę trenerską. W 1972 roku Pfister wyjechał do Afryki najpierw objął reprezentację Rwandy. Potem prowadził reprezentację Górnej Wolty i reprezentację Senegalu. Pierwsze sukcesy odniósł jednak z Wybrzeżem Kości Słoniowej, z którym to zdobył Młodzieżowe Mistrzostwo Afryki w 1983 roku w kategorii Under-19. Potem pracował w reprezentacji Zairu, a kolejne sukcesy odniósł z Ghaną. W 1991 we Włoszech zdobył z młodzieżową reprezentacją tego kraju mistrzostwo świata w kategorii U-17 (m.in. z Samuelem Kuffourem w składzie). W 1992 wywalczył wicemistrzostwo Afryki, a Ghana przegrała wówczas w rzutach karnych 10:11 z zespołem Wybrzeża Kości Słoniowej. Podporami Ghańczyków byli wówczas tacy piłkarze jak Anthony Yeboah, Anthony Baffoe i Abedi Pele. Otrzymał wtedy nagrodę dla Najlepszego Trenera Afryki roku 1992.
Oprócz Ghany prowadził także dwie inne drużyny w Pucharze Narodów Afryki – Górną Woltę w 1978 roku w Ghanie oraz Zair w 1988 w Maroku. W 1997 roku zmienił kontynent na Azję. Przejął reprezentację Arabii Saudyjskiej i w tym samym roku poprowadził ją w Pucharze Konfederacji. Po 2 meczach zrezygnował jednak i przejął kadrę olimpijską.