Jego następca Carlos Alberto Parreira zdołał awansować z Saudyjczykami na Mistrzostwa Świata we Francji w 1998, a po nich zrezygnował i Pfister ponownie został szefem kadry.
Od 1999 roku Otto zaczął prowadzić drużyny klubowe w krajach arabskich. W latach 1999–2002 prowadził Zamalek SC z Egiptu i zdobył z nim Puchar Zdobywców Pucharów Afryki w 2000 roku, mistrzostwo Egiptu i Superpuchar w 2001 i Puchar Ligi Egipskiej w 2002.
Potem Pfister trenował CS Sfaxien z Tunezji zdobywając z tym klubem Puchar Ligi Tunezyjskiej w 2003 roku. Kolejny przystanek to libański klub Nejmeh SC z Bejrutu, z którym wywalczył mistrzostwo Arabskiej Champions League, mistrzostwo Libanu, Superpuchar i Puchar Ligi Libańskiej. W październiku 2005 został trenerem kolejnego egipskiego klubu, tym razem El-Masry z Port Saidu.
18 lutego 2006 roku Pfister został mianowany selekcjonerem reprezentacji Togo po tym, jak zwolniono z tej funkcji Nigeryjczyka Stephena Keshi, pomimo tego że awansował z drużyną do Mistrzostw Świata w Niemczech. Tuż przed pierwszym meczem na mistrzostwach Pfister zrezygnował z funkcji trenera po tym, jak piłkarze z Togo zaczęli strajkować z powodu nieotrzymanych premii. Jednak po 3 dniach został przywrócony na to stanowisko.