Pozostawił po sobie bajeczne dziedzictwo, godność titulo Kastylii i arystokratyczne koligacje, które stały się inspiracją dla pokoleń konkwistadorów.
Z powodu złej opinii Cortésa o klerze świeckim (uważał, że ci duchowni dochody z dóbr ziemskich wydawali na zachcianki i wystawne uczty) chrystianizacji Meksyku miały dokonać zakony żebraczeSusana Osorio-Mrożek: Meksyk od kuchni. Od Asteków do Adelity. Kraków 2014, s.159..
Życie prywatne Cortés był żonaty dwukrotnie. Po śmierci Cataliny Xuarez i powrocie z Meksyku ożenił się z Juaną de Zuñiga, z którą miał syna Martina oraz córki Marię i Juanę (pierwsze małżeństwo było bezdzietne).
Utrzymywał też związki nieformalne z kobietami. Jego kochanką była m.in. indiańska tłumaczka Malintzin, znana też jako MalincheNigel Cawthrone, 100 Tyranów, Despotów i Dyktatorów, str. 73 lub Doña Marina. Owocem ich związku był syn, również o imieniu Martin. Cortés miał też córkę Leonor, której matką była Tecuichpo Ixcaxochitzin (znana też jako Doña Isabel), córka Montezumy II.