Przez wiele lat Cortés sprawował władzę w zdobytym imperium, które nazwał Nową Hiszpanią. Odbudował stolicę, nadając jej nazwę Meksyk (México), wznosił gmachy użytku publicznego i nieustannie wysyłał kolejne ekspedycje lądowe z zamiarem podbicia Ameryki Środkowej. W 1524 r. Cortés wyruszył z nową ekspedycją do Hondurasu. Sukcesy i władza przysporzyły mu wielu wrogów, toteż Cortés w 1528 r. musiał się wybrać do Hiszpanii by przed królem Karolem V oczyścić się ze stawianych mu zarzutów. Mimo że król potwierdził jego prawa do stanowisk i posiadłości w Meksyku, zdecydował także o powołaniu wicekróla tamtych ziem, co nadało kres władzy politycznej Cortésa. Wówczas konkwistador przeniósł się do Cuernavaki, miasta w środkowym Meksyku, gdzie wybudował sobie wystawny pałac i stamtąd kierował eksploatacją swoich dominiów, zaprowadzając uprawę trzciny cukrowej i innych roślin z ziem Starego Kontynentu. Potem jeszcze raz udał się do Hiszpanii. W 1536 r. poprowadził wyprawę na zachodnie wybrzeża Meksyku i dotarł do Kalifornii, wziął udział w 1541 r. wyprawie na Algier. Zamieszkał w okolicach Sewilli, zmarł w swoim domu Castilleja de la CuestaNigel Cawthrone, 100 Tyranów, Despotów i Dyktatorów, str. 75 w 1547 r.