Inną jest metoda znakowania i ponownych złowień (metoda Petersena, metoda Lincolna) stosowana do zwierząt ruchliwych. W pierwszym etapie łowi się grupę zwierząt, znakuje je i wypuszcza. W drugim etapie ponownie łowi się zwierzęta i, wychodząc z założenia, że proporcja zwierząt znakowanych w tak pobranej próbie odpowiada proporcji w całej populacji, szacuje wielkość populacji. Te dwie metody określa się jako metody szanowania zagęszczenia bezwzględnego, inne metody służą do mniej dokładnych szacunków. Z reguły pozwalają one na porównywanie różnych populacji bez określania ich rzeczywistej liczebności, ale dając obraz, która jest liczniejsza, stąd są określane jako metody szacowania zagęszczenia względnego. Wśród nich są różne metody polegające na odławianiu zwierząt (metoda pułapkowa), w tym w połowach komercyjnych (np. w rybołówstwie czy łowiectwie). Istnieją też metody polegające na liczeniu różnych śladów, zwłaszcza odchodów, zwierząt, metody oparte na ilości zjedzonej przynęty. Do metody kwadratów podobna jest metoda liczenia wzdłuż określonej trasy. Specjalnie zaplanowaną do celów badawczych trasę nazywa się transektem. Nazwa „kwadrat” w tym znaczeniu jest umowna, bo taki obszar może mieć dowolny kształt.