W okresie najazdu Szwedów porzucił służbę w kompucie i w połowie października 1655 r. przybył do Krakowa, gdzie uczestniczył w podpisaniu aktu poddania południowych województw Rzeczypospolitej Karolowi X Gustawowi. Po przybyciu Jana II Kazimierza z końcem roku nastąpiło odebranie Potockiemu jako arianinowi i adherentowi szwedzkiemu dóbr Łużna i Staszkówka na rzecz Jana Pieniążka, jednak z racji wcześniejszego przekazania Łużnej przez Jana bratu Wacławowi i solidarności rodzin ariańskich, pozostała ona w dzierżawie Potockich.
Jeszcze przed ustawami sejmowymi z 1658, gdy bracia polscy zostali zobowiązani do przejścia w ciągu trzech lat na katolicyzm lub opuszczenia kraju Potoccy przeszli na katolicyzm, a Jan powrócił do służby wojskowej. Brał udział w kampanii przeciw Jerzemu II Rakoczemu w 1657 r., za zasługi wojenne został 24 lipca 1658 r. mianowany podczaszym chełmskim. Jako kapitan w regimencie piechoty łanowej woj. krakowskiego, za swój udział w oblężeniu Torunia, mianowany stolnikiem ziemi bielskiej, a hetman polny koronny Jerzy Sebastian Lubomirski przywrócił mu Staszkówkę.