Po sezonie Alesi zadecydował o przejściu do ekipy Prost Grand Prix należącej do Alaina Prosta. Pierwszy sezon w nowym zespole był najgorszym w karierze Francuza w Formule 1. Ani on, ani jego kolega z zespołu, Nick Heidfeld, jadąc w słabym samochodzie z zawodnymi silnikami Peugeota, nie potrafili wywalczyć żadnego punktu. Sezon 2001 Alesi zaczynał również w Proście, zdobywając w 12 wyścigach cztery punkty. Po Grand Prix Niemiec, w którym wywalczył punkt za szóste miejsce, przeszedł do zespołu Jordan w miejsce zwolnione przez Heinza-Haralda Frentzena. W tym zespole wywalczył jeszcze punkt w Grand Prix Belgii, a po ostatnim wyścigu sezonu, Grand Prix Japonii, postanowił zakończyć karierę w Formule 1 i spróbować swych sił w niemieckiej serii wyścigowej DTM.
DTM thumb|Jean Alesi w serii DTM w sezonie 2006 W serii DTM Alesi jeździł dla ekipy Mercedesa i w swoim pierwszym sezonie wywalczył jedno zwycięstwo, ostatecznie kończąc sezon na piątym miejscu. Sezon 2003 także zakończył na piątym miejscu, tym razem wygrywając dwukrotnie. Dwa kolejne sezony ukończył na siódmym miejscu (w roku 2005 raz wygrał).