Dalsze swe życie poświęciła pełnieniu dzieł miłosierdzia, zwłaszcza osieroconym i pochodzącym z ubogich rodzin dziewczętom. Z własnych funduszy zorganizowała dla nich, w latach 1621-1627, przy ulicy Szpitalnej 18 w Krakowie, Instytut wychowawczy pod nazwą „Dom Panieński Ofiarowania Najświętszej Maryi Panny” zwany także „Domem Sierocym”. Była to pierwsza w Polsce zorganizowana szkoła żeńska. Do końca swego życia oddawała się posłudze wychowawczej i nauczycielskiej, pełniąc w założonym przez siebie Instytucie obowiązki przełożonej, wychowawczyni i nauczycielki. Zabiegała o jego prawne i materialne zabezpieczenie. 31 maja 1627 biskup krakowski Marcin Szyszkowski wydał dekret zatwierdzający Instytut, a 24 maja 1633 potwierdził go w imieniu Stolicy Apostolskiej nuncjusz Honorat Visconti. Następnie starała się o nadanie Instytutowi charakteru zgromadzenia zakonnego, jednak nie dokończyła dzieła, bowiem 1 kwietnia 1650 zmarła w opinii świętości.