Została pochowana w kościele Mariackim w Krakowie. Po około 43 latach od jej śmierci, siostry prezentki otrzymały czaszkę swej Założycielki, znajdującą się obecnie w bocznej kaplicy kościoła św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty w Krakowie. Zgromadzenie Sióstr Ofiarowania Najświętszej Maryi Panny ostatecznie ukształtowało się po śmierci Założycielki. Jego ustawy zatwierdził 13 stycznia 1660 biskup krakowski Andrzej Trzebicki.
Proces beatyfikacji 1 kwietnia 1995 ks. kardynał Franciszek Macharski, metropolita krakowski otworzył proces beatyfikacyjny Matki Zofii Czeskiej. Postulatorką procesu została prezentka siostra Renata Gąsior. Etap diecezjalny procesu został zakończony w listopadzie 1997. 27 czerwca 2011 papież Benedykt XVI podpisał dekret heroiczności cnót, a 20 grudnia 2012 wydał dekret zatwierdzający cud za jej wstawiennictwem, jakim było uzdrowienie kilkuletniego chłopca z ciężkiego zapalenia mózgu.
Uroczystość beatyfikacyjna odbyła się 9 czerwca 2013 w Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach. Beatyfikacji w imieniu papieża Franciszka dokonał kard. Angelo Amato.