Jest dostępny także w wersji źródłowej, co umożliwia skompilowanie go dla dowolnej innej platformy.
Oficjalnie oferowane są wersje binarne dla następujących platform i architektur (MySQL 4.1): Linux (x86, S/390, IA64 (Itanium), Alpha, PowerPC, AMD64 / EM64T), Windows (x86, x64), Solaris (SPARC, x86), FreeBSD (x86), MacOS X, HP-UX (PA-RISC IA64), AIX (RS6000), i5/OS (IBM System I), QNX (x86), Novell NetWare (x86), SGI, DEC OSF.
Według informacji z dokumentacji serwera, MySQL można skompilować również dla platform: Amiga, BSDI, Digital Unix, NetBSD, OpenBSD, OS/2 Warp, SCO OpenServer, SCO UnixWare, SunOS, Tru64 Unix.
Podobnie jak serwer również biblioteki klienckie MySQL, umożliwiające korzystanie z tego serwera bazodanowego z poziomu aplikacji, dostępne są dla wielu platform i języków programowania – m.in. dla C, C++, Delphi, czy PHP.