Rodzaje obsługiwanych mechanizmów bazodanowych MySQL oferuje różne typy mechanizmów bazodanowych, z których każdy typ przeznaczony jest do innego zastosowania. Są to między innymi: MyISAM – (aż do wersji 5.5 domyślny) mechanizm, który nie obsługuje transakcji ani nawet kluczy obcych, umożliwia natomiast (w odróżnieniu od pozostałych typów) wyszukiwanie pełnotekstowe. MEMORY (do wersji 4.1 – HEAP) – najszybszy, gdyż wszystko jest przechowywane wyłącznie w pamięci RAM. Ma jednak kilka ograniczeń, między innymi nie przechowuje danych po wyłączeniu serwera MySQL. InnoDB – (od wersji 5.5 domyślny) jeden z najczęściej stosowanych mechanizmów, obsługuje transakcje, zakładanie blokad na poziomie wierszy, klucze obce. BerkeleyDB – obsługuje transakcje, jak dotychczas nie w pełni zintegrowany z MySQL. MERGE – umożliwia łączenie tabel MyISAM. FEDERATED – umożliwia tworzenie rozproszonych baz danych. CSV – przechowuje dane w standardowych plikach CSV. ARCHIVE – (od wersji 4.1) przechowuje dane w spakowanych archiwach. Umożliwia wyłącznie dodawanie i pobieranie rekordów. PBXT – mechanizm opracowany przez firmę zewnętrzną, dostępny jako plugin, zbliżony działaniem do PostgreSQL