Obecnie Kodeks Madrycki znajduje się w Madrycie w Muzeum Amerykanistyki (Muzeum del Americas).

Datowanie thumb|left|200px|Fragment z Kodeksu madryckiego Określenie wieku Kodeksu Madryckiego przysporzyło wiele kłopotów naukowcom. Początkowo zakładano dwie wersje. Pierwsza, że księga powstała w XV wieku w zachodnim Jukatanie a druga, że w Tayasal, w Gwatemali (Petén), po podboju tego miasta przez Hiszpanów w 1697 r. Wniosek taki wysunął w 1950 r. Eric Thomson, który później przychylił się do koncepcji pierwszej. Z jego zdaniem nie zgadzali się Michael Coe, który na dowód przedstawiał stronę 56, gdzie znaleziono łacińską notkę zawierającą fragment imienia "...riquez". Coe ów fragment odnosił do franciszkanina Fray Juan Enríquez, który zginął w mieście Sacalum w 1624 r. Na tej podstawie stwierdzano, iż rękopis powstał po tej dacie.

Inny naukowiec James Porter doszedł do tego samego wniosku chociaż jego argument był oparty na dwóch przedmiotach przedstawionych w rękopisie, które interpretowane były jako europejska broń (stronie 39b) i idol reprezentujący konia na (strona 39c). Porter przypisuje te dwie sceny bezpośrednio do wizyty Hernána Cortésa do Tayasal w 1525 r.