W klasyfikacji końcowej tego turnieju zajął ostatecznie czwarte miejsce, tracąc do trzeciego Hideharu Miyahiry tylko 1,2 punktu. Znakomita postawa na skoczniach w trakcie tego sezonu dała mu zwycięstwo w klasyfikacji generalnej oraz Małą Kryształową Kulę za zwycięstwo w klasyfikacji generalnej sezonu 1998/1999 Pucharu Świata w lotach. Na mistrzostwach świata w Ramsau w 1999 w konkursie indywidualnym na dużej skoczni skoki na 126,0 m i 129,5 m dały mu złoty medal, przed Hannawaldem i Miyahirą. Po pierwszej serii konkursu indywidualnego na normalnym obiekcie zajmował trzecie miejsce z odległością 96,0 m. Na czwartym miejscu znajdował się Harada, który tracił do Niemca tylko 0,5 punktu. W drugiej kolejce Schmitt uzyskał 92,0 m, a Harada dwa metry więcej. Sprawiło to, że Japończyk go wyprzedził, podobnie jak i trzech kolejnych zawodników, wobec czego Niemiec zakończył ten konkurs na siódmej pozycji. W konkursie drużynowym razem z Hannawaldem, Christofem Duffnerem i Thomą zdobył kolejny złoty medal, wyprzedzając Japończyków o zaledwie 1,9 punktu. W sezonie tym został także zdobywcą Pucharu KOP.