Kolejne zwycięstwo odniosła 15 marca 1998 roku w Crans-Montana, triumfując w gigancie. Poza tym jeszcze sześciokrotnie plasowała się w najlepszej trójce, w tym kolejne trzy razy w gigancie, co dało jej trzecie miejsce w klasyfikacji końcowej tej konkurencji. Uległa tylko Niemce Martinie Ertl i Włoszce Deborze Compagnoni. W lutym tego roku brała udział w igrzyskach olimpijskich w Nagano, gdzie zdobyła dwa medale. Najpierw zajęła trzecie miejsce w supergigancie, w którym lepsze okazały się jedynie Picabo Street z USA oraz kolejna Austriaczka, Michaela Dorfmeister. Do zwyciężczyni Meissnitzer straciła zaledwie 0,07 sekundy. Następnie była ósma w zjeździe, a cztery dni później wywalczyła srebrny medal w slalomie gigancie. Po pierwszym przejeździe zajmowała czwarte miejsce, tracąc do prowadzącej Compagnoni 1,19 sekundy. W drugim przejeździe uzyskała drugi wynik, co dało jej drugi łączny czas, o 1,80 sekundy za Compagnoni i 0,22 sekundy przed Katją Seizinger.
Najlepsze wyniki osiągnęła w sezonie 1998/1999. Meissnitzer zgromadziła 1672 punkty, trzynaście razy stanęła na podium i odniosła osiem zwycięstw.