Najpierw wygrała giganta 19 listopada w Park City, następnie supergiganta 29 listopada w Lake Louise, supergiganta i giganta w dniach 10-11 grudnia w Val d’Isère, zjazd 19 grudnia w Veysonnaz, giganta 24 stycznia w Cortina d'Ampezzo i 22 lutego w Åre, a na koniec ponownie była najlepsza w zjeździe 10 marca 1999 roku w Sierra Nevada. Dzięki temu zdobyła Kryształową Kulę za zwycięstwo w klasyfikacji generalnej, zwyciężyła także w klasyfikacjach giganta i supergiganta, a w zjeździe była druga za swą rodaczką, Renate Götschl. Rozgrywane w 1999 roku mistrzostwa świata w Vail/Beaver Creek były najbardziej udaną imprezą w jej karierze. Austriaczka zwyciężyła w supergigancie i gigancie, a w zjeździe zajęła czwarte miejsce, przegrywając walkę o brązowy medal ze Stefanie Schuster o 0,10 sekundy.
Po dwóch startach sezonu 1999/2000 doznała kontuzji w Lake LouiseMeissnitzer injury opens up World Cup . Austriaczka zerwała więzadła krzyżowe w kolanie i do rywalizacji wróciła w grudniu 2000 roku. Na podium zawodów pucharowych po raz kolejny stanęła dopiero 25 stycznia 2002 roku w Cortina d’Ampezzo, gdzie była trzecia w supergigancie.