Przy użyciu wbudowanego w system skryptu manage-bde.wsf można jednak zaszyfrować dowolną inną partycję.
Jeżeli szyfrowana jest partycja systemowa, ważnym wymogiem dla działania mechanizmu BitLocker jest istnienie na dysku twardym niezaszyfrowanej partycji startowej o rozmiarze rzędu kilkuset MB. Znajdują się na niej niezaszyfrowane programy pozwalające na odczytanie kluczy szyfrujących i start całego mechanizmu.
Do szyfrowania partycji systemowej wykorzystywany jest klucz generowany przez TPM, klucze wprowadzane z klawiatury lub klucze z pamięci USB. Możliwe jest połączenie metod wprowadzania kluczy tak w sposób wymagający równoczesnego użycia kilku z nich jak i dający wybór którego klucza użyć.
Inne partycje nie mogą być chronione przez TPM, jednak jeżeli partycja systemowa jest zaszyfrowana, klucz można zapisać w rejestrze i automatycznie go używać przy każdym uruchomieniu systemu.