Ponadto, region MHC klasy II zawiera zarówno geny dla łańcucha α, jak i β.
Zmienność cząsteczek MHC Cząsteczki MHC charakteryzują się wybitną zmiennością, głównie w obrębie miejsca wiążącego antygen (rowka). Każde miejsce w naszym genomie, przeznaczone na białko MHC (np. HLA-A), może być zajęte przez jeden z wielu (kilkudziesięciu, w niektórych przypadkach kilkuset) alleli – ze względu na diploidalność naszych komórek, z tak dużej różnorodności każdy z nas może mieć co najwyżej dwa allele zajmujące dane locus. Łącznie możemy zatem posiadać kilkanaście rodzajów MHC. Jakie są z tego korzyści dla pojedynczego osobnika, a jakie korzyści odnosi cała populacja?
W przypadku pojedynczego osobnika większe zróżnicowanie genów dla MHC powoduje, że może być prezentowany większy zakres peptydów, pochodzących od patogenu. Każda cząsteczka MHC może prezentować kilkadziesiąt – kilkaset tysięcy peptydów. Zatem osobnik homozygotyczny może zaprezentować o wiele mniej antygenów, niż heterozygotyczny pod względem każdego locus, co wynika z faktu, że posiada mało zróżnicowane MHC. Tak więc osobnik wykazujący większy polimorfizm prezentuje więcej peptydów i w jego przypadku istnieje większe prawdopodobieństwo, że jeden z peptydów danego patogenu okaże się immunogenny.