W maju 2010 krytykę wywołała jego wypowiedź dla Deutschlandradio dotycząca interwencji wojskowej w Afganistanie i potencjalnego użycia Bundeswehry w celu zabezpieczania niemieckich interesów gospodarczych. Stanowisko to zostało przez część komentujących uznane za kontrowersyjne, a nawet określone jako wspierające działania niezgodne z niemiecką konstytucją. 31 maja 2010 w następstwie tej krytyki Horst Köhler złożył rezygnację z urzędu prezydenta; wykonywanie obowiązków głosy państwa przejął przewodniczący Bundesratu Jens Böhrnsen.
Działalność po prezydenturze W 2011 został członkiem rady doradczej przedsiębiorstwa Kulczyk Investments. W 2012 sekretarz seneralny ONZ Ban Ki-moon powołał go w skład panelu doradczego ds. opracowania Agendy 2030, planu działań na rzecz zrównoważonego rozwoju. W latach 2016–2017 wraz z Kofim Annanem współprzewodniczył specjalnemu panelowi doradczemu Afrykańskiego Banku Rozwoju. W sierpniu 2017 sekretarz generalny ONZ António Guterres mianował go specjalnym wysłannikiem ds. Sahary Zachodniej. Funkcję tę pełnił do maja 2019. Wykładał również na Uniwersytecie w Tybindze (którego profesorem honorowym został w 2003).