Inżynierowie, którzy nie zdążyli wykryć oraz usunąć wszystkich błędów konstrukcyjnych statku byli przeciwni, aby podczas kolejnego lotu na pokładzie Sojuza znajdował się kosmonauta. Jednak pod wpływem nacisków politycznych 23 kwietnia 1967 w kosmos na pokładzie statku Sojuz 1 poleciał Władimir Komarow. Wstępnie planowano, że następnego dnia na orbitę okołoziemską wyruszy statek Sojuz 2a z trzyosobową załogą, w której byli: Walerij Bykowski, Jewgienij Chrunow oraz Aleksiej Jelisiejew. Oba statki miały połączyć się na orbicie, a Chrunow i Jelisiejew mieli przesiąść się do Sojuza 1. Wkrótce po starcie Komarowa okazało się, że w jego statku nie otworzyły się w pełni baterie słoneczne, a w związku z tym pojazd miał za mało energii, aby przeprowadzić planowane dokowanie. Podjęto decyzję o odwołaniu startu Sojuza 2. Cel wyprawy zmieniono na lot autonomiczny po orbicie okołoziemskiej. Misja miała tragiczny koniec. Podczas operacji powrotu na Ziemię nie zadziałał prawidłowo system spadochronowy, który na wysokości 7 kilometrów miał rozpocząć wytracanie prędkości przez Sojuza. Kapsuła z kosmonautą roztrzaskała się o Ziemię i całkowicie spłonęła.